Genoma della vite
In questi giorni a Trento si avverte una certa fibrillazione, nata attorno ad una polemica scientifica. La cosa in sè non è negativa: è bene che il dibattito pubblico si interessi al lavoro di ricercatori e scienziati. Va meno bene quando questo interesse si polarizza in semplificazioni da tifo sportivo. Ancora meno bene quando il tifo prende partito solo contro la squadra di casa.
I fatti non si lasciano riassumere semplicemente, e questo certo ha contribuito ad una trattazione in cui ha finito per prevalere la ricerca mediatica di un vincitore e di uno sconfitto. Ma la ricerca scientifica raramente trae beneficio da questa drastica riduzione della complessità.
La vicenda riguarda il sequenziamento del genoma della vite: un progetto di ricerca al quale hanno lavorato diversi gruppi a livello mondiale ma che, in tempi più recenti, ha visto operare parallelamente un gruppo trentino (che fa capo all'Istituto agrario di San Michele all'Adige) e un'alleanza franco-italiana (con la partecipazione di diverse università del nostro paese). Tra i due gruppi vi sono state fasi di collaborazione e fasi di competizione, come accade normalmente. La disputa che però si è aperta negli ultimi giorni riguarda il problema della primogenitura del sequenziamento e il suo riconoscimento da parte della comunità scientifica.
Le posizioni si possono riassumere in questi termini. I trentini rivendicano di avere concluso per primi il lavoro, con il deposito delle sequenze in banche dati internazionali avvenuto nel dicembre del 2006 e la successiva presentazione ad una conferenza internazionale (San Diego, USA) nel gennaio 2007. A quel momento l'Istituto agrario di San Michele aveva una copertura pari a 11 volte il genoma (11X), contro una copertura del gruppo franco-italiano pari a 6 volte (6X). Successivamente nel corso dei primi sei mesi del 2007 i trentini hanno curato l'assemblaggio e l'analisi delle sequenze, ottenendo un'assegnazione ai 19 cromosomi della vita dell'86 per cento del DNA (in pratica tutte le seguenze sono state "ancorate" eccetto quelle altamente ripetute, difficili da collocare correttamente e - in quanto povere di geni - meno interessanti). Solo a questo punto, ritenendo che vi fosse la completezza di dati adeguata a sostenere il confronto con la comunità scientifica internazionale, è cominciata la predisposizione della pubblicazione da sottoporre a riviste scientifiche internazionali autorevoli e referate. L'articolo a metà agosto è stato inviato alla rivista Science.
Per contro il gruppo franco-italiano ha scelto un'altra strada. A febbraio, come si è detto, aveva un sequenziamento 6X e al momento della sottomissione dell'articolo alla rivista Nature il lavoro di ancoraggio del DNA sui cromosomi era pronto al 59 per cento. Sulla base di questi dati meno completi (infatti la pubblicazione del sequenziamento completo è stata annunciata per dicembre 2007) l'alleanza del progetto VIGNA ha comunque ritenuto di sottomettere un articolo a Nature, utilizzando il genoma sequenziato per presentare una tesi sull'evoluzione della vite in tempi remoti. Indirettamente, pubblicando il lavoro con il titolo "The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla", la rivista ha riconosciuto ai ricercatori franco-italiani il merito di aver completato il sequenziamento. In verità, come detto, il lavoro di sequenziamento-assemblaggio-ancoraggio non è ancora completo ma il gruppo franco-italiano ha comunque ritenuto di proporre un'ipotesi di interpretazione.
Un'altra circostanza va tenuta in considerazione. I ricercatori trentini e i ricercatori del progetto VIGNA sono partiti da due punti di diversa complessità: a Trento si è scelto di sequenziare il genoma del Pinot nero coltivato (eterozigote), dunque una varietà commerciale, mentre l'alleanza franco-italiana ha preferito un derivato da laboratorio (omozigote). Come riconosce lo stesso Michele Morgante, ricercatore italiano del progetto VIGNA: "il primo approccio è più ambizioso e quindi anche più complesso e costoso e presenta problemi computazionali ardui per l’assemblaggio della sequenza e mai affrontati prima d’ora in campo scientifico. Offre in compenso una maggior ricchezza di informazioni. Il secondo approccio è un percorso più diretto e quindi sicuro per quanto riguarda il risultato da raggiungere, dà una informazione più robusta per quanto riguarda l’organizzazione del genoma, è meno costoso e per contro meno ricco di informazioni sulla variabilità genetica presente nelle viti coltivate".
Infatti nella pubblicazione su Nature la cordata franco-italiana fa riferimento (tabella 1) all'uso di 409 marcatori molecolari, mentre i trentini di IASMA hanno usato 1356 marcatori di posizione sui cromosomi ottenendo un considerevole numero di polimorfismi mappati sul genoma (2.000.000). Questa maggiore ricchezza di informazioni sulla variabilità genetica rappresenta uno strumento fondamentale per il miglioramento della vite e interpreta al meglio il ruolo dell'Istituto di San Michele, che ha il breeding come missione. La decodifica del genoma infatti rappresenta solo l'inizio del lavoro.
Dalla pubblicazione su Nature è conseguita ovviamente una ripercussione sulla sottomissione a Science dell'articolo di IASMA. Ai ricercatori trentini, perchè il lavoro possa essere sottoposto a referaggio, è stato richiesto di differenziare maggiormente il proprio contributo rispetto al gruppo franco-italiano. A questo punto, con una base di dati più estesa e completa, lo IASMA ha prodotto una propria ipotesi sulla duplicazione del genoma che diverge da quella presentata su Nature. Il seguito di questa vicenda dirà quale delle due ipotesi risulterà più corretta.
Detto questo, vale la pena di fare qualche considerazione. Come è palese, per orientarmi in questa materia ho parlato più volte con i ricercatori dell'Istituto di San Michele - Roberto Viola e Riccardo Velasco - e con Francesco Salamini, tra i più autorevoli esperti italiani e membro del consiglio scientifico di IASMA. A loro ho chiesto di spiegarmi e quel che precede è quanto ho capito. Eventuali errori sono dovuti evidentemente alle mie limitate capacità di comprensione.
Quel che però spero di aver chiarito è che tutta questa vicenda non si lascia riassumere in uno schema vincitore-perdente. I trentini hanno buon titolo nel sostenere che il lavoro che hanno svolto li ha portati, per primi, alla conoscenza più completa e accurata del genoma della vite. I ricercatori franco-italiani hanno però dalla loro la prima pubblicazione su una rivista prestigiosa. Quando ho chiesto ai ricercatori IASMA perchè non abbiano sottomesso prima la propria pubblicazione la risposta che ho ricevuto è che con meno dell'80 per cento delle sequenze ancorate sul cromosoma non ritenevano che il lavoro avrebbe corrisposto allo standard comunemente accettato dalla comunità genomica. Salamini, che di quella comunità è un esponente riconosciuto a livello internazionale, mi ha confermato questa impostazione. Per quanto mi riguarda trovo questa risposta condivisibile: è coerente con la prassi e l'etica del lavoro scientifico.
Capisco le ragioni dell'orgoglio territoriale (o nazionale), ma non credo sia saggio dar loro troppo spazio. La Provincia di Trento ha finanziato e sostenuto la ricerca sul genoma della vite perchè crede che da questa possano derivare sostanziali miglioramenti alla viticoltura. La pur importante questione della primogenitura del sequenziamento (che non minimizzo, ma per quanto detto sopra credo sia difendibile in modo trasparente e scientificamente argomentato) non deve far dimenticare che il progetto genoma ha consentito allo IASMA di formare un gruppo di ricercatori di livello internazionale, che già oggi sono impegnati sulle applicazioni delle conoscenze genomiche a fini di miglioramento genetico. Questo è quello che conta veramente, al di là della disputa accademica.
Quel che invece assolutamente non capisco (e mi sorprenderebbe se fosse davvero pensato e affermato in buona fede) è che questa vicenda avrebbe avuto un esito diverso se vi fosse stato un maggiore attivismo politico-istituzionale per sostenere le ragioni della ricerca trentina, ottenendo più visibilità in ambito nazionale e (chissà per quale motivo) europeo. Chi sostiene questo non ha la minima idea di cosa sia la ricerca scientifica, ne ignora le regole-base, offende il lavoro di quanti vi si impegnano con dedizione e convinzione. Soprattutto, propone un modello di rapporti tra politica e ricerca che capovolge i valori in campo nell'illusione che esistano facili scorciatoie al lavoro duro e rigoroso. Non c'è conferenza stampa o show con tartine che possa garantire la pubblicazione su riviste con referaggio internazionale. Semmai a trarne vantaggio sarebbero solo le società di catering.




